生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫，生物信息學(xué)三大數(shù)據(jù)庫

生物
2023-06-03

目錄
生物數(shù)據(jù)庫的類型有哪些
生物信息學(xué)二級數(shù)據(jù)庫有哪些
生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫有哪四大類
生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫的作用
中國生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫

生物數(shù)據(jù)庫的類型有哪些

一般來說所用的分析有在線跟的下面簡要列舉一些常用在線的使用 1、使用VecScreen，分析下列未知序列，輸出序列長度、載體序列的區(qū)域、可能使用的克隆載體都有哪些。一、步驟：

打開google 首頁，搜索VecScreen，進(jìn)入VecScreen首頁，復(fù)制序列，運(yùn)行，View report。

二、結(jié)果：

輸出序列長度918bp，

載體序列的區(qū)域456bp——854bp.

克隆載體：M13mp18 phage，pGEM-13Zf(+)，pBR322，pRKW2。

2、使用相應(yīng)，分析下列未知序列的重復(fù)序列情況，輸出重復(fù)序列的區(qū)域、包含的所有重復(fù)序列的類型、重復(fù)序列的總長度及Masked Sequence。

一、步驟：

進(jìn)入google首頁，進(jìn)入ICBI主頁，對序列進(jìn)行BLAST。得出序列是human的。

進(jìn)入google首頁，搜索RepeatMasker，進(jìn)入RepeatMasker主頁，進(jìn)入RepeatMasking，復(fù)制序列，DNA source選擇human，運(yùn)行！點(diǎn)擊超鏈接，在結(jié)果中選擇

Annotation File ：RM2sequpload_1287631711.out.html

3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore，分析下列未知序列，輸出CpG島的長度、區(qū)域、GC數(shù)量、所占的百分比及Obs/Exp值。一、步驟：

進(jìn)入google首頁，搜索CpGPlot，進(jìn)入CpGPlot主頁，program中選擇cpgreport復(fù)制序列，運(yùn)行！

二、結(jié)果：

CpG島的長度：385bp

區(qū)域：48——432；

GC數(shù)量：Sum C+G=297，百分?jǐn)?shù)=77.14

Obs/Exp：1.01

4、預(yù)測下面序列的啟動子，輸出可能的啟動子序列及相應(yīng)的位置。一、步驟：

進(jìn)入google首頁，進(jìn)入ICBI主頁，對序列進(jìn)行BLAST。得出序列是human的

進(jìn)入google首頁，搜索Neural Network Promoter Prediction，進(jìn)入主頁，復(fù)制序列，選擇eukaryote，運(yùn)行！

二、結(jié)果：

位置：711—761 ，1388—1438，1755—1805；

5、運(yùn)用Splice Site Prediction分析下面序列，分別輸滾旁謹(jǐn)出內(nèi)含子－外顯子剪接位點(diǎn)給體和受體的區(qū)域及剪接處位置的堿基。一、步驟：

進(jìn)入google首頁，進(jìn)入ICBI主頁，對序列進(jìn)行BLAST。得出序列是human的

進(jìn)入google首頁，搜索Splice Site Prediction，進(jìn)入主頁，復(fù)制序列。Organism選擇Human or other。其他默認(rèn)，運(yùn)行！

二、結(jié)果：

供體：

受體：

6、對下面序列進(jìn)行六框翻譯，利用GENESCAN綜合分析(首先確定給定序列的物種來源)哪個ORF是正確的，輸出六框翻譯（抓圖）和GENESCAN結(jié)果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 兩個部分)。一、步驟：

進(jìn)入google首頁，進(jìn)入ICBI主頁，對序列進(jìn)行BLAST。得出序列是Zea的

進(jìn)入google首頁；搜索NCBI，進(jìn)入主頁，選擇all resources（A~Z），選擇O，選擇ORF finder。復(fù)制序列，默認(rèn)，大基運(yùn)行！

二、結(jié)果：ORF圖

三、啟清步驟：進(jìn)入google首頁，搜索GENESCAN，進(jìn)入主頁，Organism:Maize，，其他默認(rèn)，運(yùn)行！

四、結(jié)果：

G7、進(jìn)入REBASE限制性內(nèi)切酶數(shù)據(jù)庫，輸出AluI、MboI、EcoI三種內(nèi)酶的Recognition Sequence和Type。

一、步驟：進(jìn)入google首頁，google in English，搜索REBASE，進(jìn)入主頁，分別輸入AluI、MboI、EcoI，運(yùn)行！

在MboI中選擇第一個，EcoI選擇第二個。

二、結(jié)果：

ENSCAN圖

8、使用引物設(shè)計(jì)，針對下列未知序列設(shè)計(jì)一對引物，要求引物長度為20-25bp，擴(kuò)增產(chǎn)物長度300-500bp，退火溫度為50-60℃。請寫出選擇的一對引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相應(yīng)的GC含量、引物的位點(diǎn)、Tm值和產(chǎn)物長度。一、步驟：進(jìn)入google首頁，搜索genefisher，進(jìn)入主頁，復(fù)制fasta格式，chechk input， sunmit，；；設(shè)置一下引物長度為20-25bp，擴(kuò)增產(chǎn)物長度300-500bp，退火溫度為50-60℃；。

生物信息學(xué)二級數(shù)據(jù)庫有哪些

生物信息學(xué)中kog數(shù)據(jù)庫是什么意思

根據(jù)需要從一級數(shù)據(jù)庫中搜集對象的相關(guān)數(shù)據(jù)集合而成的就是二級數(shù)據(jù)庫.

像genebank,EMBL這種都是不加選擇的一級數(shù)據(jù)庫,只要是實(shí)驗(yàn)獲得的,不管什么東西的序列,哪怕是不完整的序列都能上傳,而且它們的數(shù)據(jù)也有可能有重復(fù).如果有某個人專門研究細(xì)菌的鑒定,需要用到正式被認(rèn)可的16srDNA序列,為了研究方便,把這些一級數(shù)據(jù)庫的各個種類細(xì)菌的公認(rèn)標(biāo)準(zhǔn)16srDNA序列的數(shù)據(jù)進(jìn)行整理,重新構(gòu)建了一個數(shù)據(jù)庫,這就是所謂的二級數(shù)據(jù)庫.如果不構(gòu)建,直接用一級數(shù)據(jù)庫做blast,就會得出很多未被承認(rèn)甚至不完整的序列,還要人工一個個巧襪穗看過去,找出公認(rèn)的標(biāo)準(zhǔn)序列,這樣就好局很麻煩.我孝卜舉得例子在現(xiàn)實(shí)中就是韓國的EzTaxon.